Wenn Du experimentierfreudig und einarbeitungsfreudig bist: AviSynth, MV-Tools und VirtualDub.
Ist leider kompliziert und voller Verständnishürden, wenn man noch nie vorher was mit AviSynth gemacht hat und die Idee, selber ein Script zu erstellen, eher befremdlich findet. Aber wenn die Hürden genommen sind, kriegt man eine ziemlich gute Qualität raus - und das Ganze kostenlos.
Ich habe mich da selber vor einiger Zeit durchgewurstelt und ein Script zusammengebaut. Wobei aber mein Script eingangsseitig nur mit AVI-Dateien funktioniert; für MP4/H.264 müsste man es modifizieren und evtl. noch ein weiteres PlugIn hinzuziehen.
Ein Videokonverter, der einige AviSynth-Filter (darunter MV-Tools) schon integriert hat und sie unter einer grafischen Benutzeroberfläche zur Verfügung stellt, ist
Hybrid - ebenfalls kostenlos. Narrrensicher ist Hybrid aber leider noch lange nicht; man muss immer noch reichlich Hintergrundwissen und Geduld mitbringen.
Für alle AviSynth-basierten Lösungen muss man auch einschränkend sagen, dass sie schnarchlangsam arbeiten; vermutlich nutzt AviSynth die Rechenleistung moderner Mehrkern-CPUs nicht aus.
Es gibt ein neueres Programm namens VapourSynth, das hier Abhilfe schaffen soll. Auch die MV-Tools wurden bereits für VapourSynth portiert. Allerdings verwendet VapourSynth wieder eine ganz andere Scriptsprache, so dass vorhandene AviSynth-Scripts nicht übertragbar sind - und auch entsprechende Infos sind nicht so reichlich zu finden. Deshalb habe ich persönlich mich noch nicht rangewagt.